Esta, que es considerada la gran obra del presidente Rafael Reyes, y su construcción que tardó 27 años, fue iniciada en 1881 y terminada en 1909. Después de pasar por gran cantidad de contratistas, cayó en manos directas del gobierno de Reyes, que lo impulsó en su última etapa hasta hacerlo realidad.

Ruta: Girardot - Apulo - Facatativá (empalmando con el Ferrocarril de La Sabana).
Ingeniero Francisco
Javier Cisneros
Su construcción, que buscaba comunicar Bogotá con el río Magdalena, fue autorizada en 1873 e iniciada en 1881 por el ingeniero cubano Francisco Javier Cisneros uno de los pioneros de los ferrocarriles en Colombia. En 1888 la línea llegó hasta Apulo y su prolongación fue difícil por la carencia de recursos económicos. Hubo que esperar hasta 1895 para la reanudación de su construcción que se extendió sólo 10 kms en doce años. Finalmente, en 1909 llegó a Facatativá y allí empalmó con el Ferrocarril de La Sabana.
De esta manera se eliminó la mula en la cadena de transporte entre la Costa y Bogotá: se tomaba el tren de Puerto Colombia a Barranquilla, vapor de río hasta La Dorada, tren hasta Ambalema, vapor hasta Girardot y dos trenes más hasta Bogotá. Fue incorporado en 1953 a los Ferrocarriles Nacionales..
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